El artículo 3° de la LGE enumera doce principios que orientan el sistema educativo chileno: universalidad y educación permanente, calidad, equidad, autonomía, diversidad, responsabilidad, participación, flexibilidad, transparencia, integración, sustentabilidad e interculturalidad.

Los principios cumplen una función específica dentro de la ley: expresan las orientaciones que deben guiar la organización del sistema y la interpretación de las normas que lo regulan. Cuando dos normas entran en tensión o cuando una situación no está expresamente regulada, los principios sirven de referencia para decidir en qué dirección ir.

Leerlos como una lista de valores abstractos es la manera menos útil de aproximarse a ellos. Cada uno responde a un problema histórico concreto del sistema educativo chileno. La equidad aparece porque el acceso a una educación de calidad ha sido históricamente desigual según el origen socioeconómico de los estudiantes. La transparencia aparece porque durante mucho tiempo las familias tenían escasa información sobre el funcionamiento real de los establecimientos que elegían. La interculturalidad aparece porque el sistema educativo tardó décadas en reconocer la diversidad cultural de la sociedad chilena y el valor de las lenguas y cosmovisiones de los pueblos originarios.